在皈依來說，我們分外皈依、內皈依和秘密皈依這三種。因為《佛子行三十七頌》主要是顯宗的內容，所以並沒有像密法那樣有做詳細的區分。我們在這裡簡單說一下。
外皈依就是我們所說的皈依佛法僧三寶，這屬於外在的皈依。
內皈依是從密法上來講的，是皈依加持的根本--上師，成就的根本--本尊，還有事業的根本--空行和護法，主要是以空行為主。上師、本尊、空行這三尊是內皈依的對象。
秘密皈依
我們一般所說的皈依，實際意義就是面對一些痛苦和威脅的時候，去尋求一個依靠。我們在面對輪迴世間的痛苦之時，會尋求解脫之道，所以想去尋求佛法僧三寶的依靠。但是最究竟意義上的皈依--秘密皈依是當我們自心能夠去認識到本性的時候，瞭解到一切法的空性的道理的時候，依照空性來做的實踐，能夠讓我們在一切之中都得到自在，這才是實際上的，真正的依靠。
這並不是一種外在的上師或者是佛法僧，而是真正自心所具有的空性。在顯宗來講，就是自己的自性，去瞭解到自性的時候，在登地之後所生起的明覺的本慧，從初地開始到十地，最後到佛地，都具有對於空性的了悟，這是我們最核心的依靠，是最究竟的皈依。
所以，秘密皈依，我們皈依的是一種自性的對於空性的了悟。大手印講認識到赤裸裸的本性是我們究竟的依靠。大圓滿說到心性，本性是空，自性是明，大悲遍覆，能夠去認識到這種悲空雙運的自心，我們就能夠從一切痛苦中得到解脫。他們所詮述的都是眾生心續之中所具有的如來藏，能夠把如來藏的功德完全展現出來，並且實際地去落實它，這個我們叫做究竟的皈依，也就是秘密的皈依。