三字金剛頌修止法是一種有所依的修止方式，在某些時候隨著呼吸來調整禪修這個方法很有幫助。呼氣時觀想白色的「嗡」字隨著氣息出去，吸氣時觀想一個藍色的「吽」字吸進來，住氣時觀想一個紅色的「阿」字，心和三字結合進行，使心專注不散亂（修止主要是讓自己的心不會向外渙散），通過這樣的練習達到一種自然不造作。 只是觀想三個種子字的形象並不發出三個種子字的聲音，三個種子字並沒有特定位置。

需要注意的是這樣練習時不要刻意的記次數，因為記數字有時候會變成渙散的因，只是單純的這樣練習，知曉自己在做就可以了。自然的按照上面的方式觀想，不要憋氣等。觀想時不要想有三個真實的種子字出去、進來、住氣，並不是這樣，這三個種子字是呼吸的代表（呼吸並沒有具體實在的形象）彷彿彩虹一般，有那樣的顯現但並不是實在具體的東西。