很多人在開始練習禪修時會閉眼，但在大圓滿和大手印教法中是沒有閉著眼睛禪修的。因為在大手印和大圓滿中眼睛是生起智慧之門，所以不能閉眼。特別在大圓滿的頓超教法中，閉眼就無法看到頓超相，因此光明相就不會出現。很多人覺得閉著眼睛使心處於一種平靜的狀態，這種方式有助於使心的妄念融入到阿賴耶當中，不起妄念，可能會使身心都很舒服，也可以承認它是一種禪修，因為它可以使身心都處於一種很好的狀態，分別念不起，心也是放鬆的，所以把閉眼這種方式歸類為禪修也是可以的，但它並非我們所講的正式的禪修。

平時這麼做也沒有太大問題，因為妄念融入阿賴耶就不會到處紛飛，這樣保持身心愉悅舒坦，比如在山上或者海邊這樣做也會有一種很舒暢的感覺，可以說閉眼是一種暫時使身心寧靜舒適的方法，它雖然是禪修但不是標準的禪修，它和真正的禪修是不同的。我們禪修的目的不是為了生起樂、明、和無分別的覺受然後享受其中，產生這種覺受是好事，只是我們的發心動機不是去追求這些覺受，當這些覺受出現時（樂、明、無念）既不執著其中也不去排斥它。無論覺受產生與否也不會對此產生執著、貪戀、希冀、憂懼等，無論這種覺受是否發生都能坦然面對，不去顧慮是否發生，也不用擔心為何沒有發生。