大手印的印是對誰做封印呢？它是將有法的一切顯現（現象）的本性包含於基大手印當中，一切的顯現不離於基大手印，對這個事實進行封印，或者就像蓋章一樣對它做了確認。對於顯現的有法和基大手印這兩者是不二的這個事實加以封印，就是大手印的印的意思。
一切的有法的顯現（一切事物）的本質都含藏於基大手印當中，反過來，基大手印攝入到所有事物的每一個成分叫周遍，它周遍於所有事物，一切有法的顯現都是基大手印，同時基大手印遍於一切法，這是一體兩面。
就像是《心經》裡面所說的「色即是空，空即是色，色不異空，空不異色，」把基大手印換成心經裡面的「空」就好理解了，如「色即是空」——一切色法的顯現不異於空，就是一切色法不異於基大手印（色即是大手印），「空即是色」——空會現起一切色法，就是基大手印會現起一切色法的顯現（大手印即是色）。同理可以套用「受想行識」，也就是說「受即是空（大手印），空（大手印）即是受，想即是空（大手印），空（大手印）即是想」等等。
基大手印的本性和「色受想行識」都是一體兩面，或者說它是雙運的，只是因為怕文字太冗長了，所以就說亦復如是。這和岡波巴大師所講的「俱生心性即法身」是同一回事。有法的顯現，無異於基大手印。有法的顯現就像是海面上的波濤，波濤和海的本體是俱生、同時、一體的關係，同樣的，有法的顯現和本來的法身（基大手印）也是俱生、一體的關係。所以心的本性，應當就要從與顯現俱生之法身來加以認識，法身指的是海，這個顯現或者是現象（波浪），就像是法身所呈現出來的波浪。
「色即是空，空即是色，色不異空，空不異色。」所有一切法（色）與基大手印（空）都是一體一味、不相違的，色只是空的展現形象而已，並非獨立於空性之外的另一個實在的存在，空是色的本質，空也會顯現出色的形象，但並不是兩個不同的東西，就像水和冰的關係，外在展現的色的形象本質是空性。