大手印和大圓滿在教授上有一些差別，大圓滿是由見而展現出修持的力量，具體方式是先把所有的東西都講清楚，徹底明白後再去修，見地上很清楚之後在修持中湧現出力量。而大手印的修持常常是上師讓你好好修，在禪修的過程中你才知道原來如此，由修產生出見地的力量。大圓滿和大手印是由見而生心和由修而生見的差別。

在實際修持上大圓滿和大手印也有一點差別，在修持上大圓滿常用的一個詞是覺性專注，專注於覺性之中，只掌握自己的覺照力，其他不管，念頭來去不理會，心念在覺性之中；而大手印在修持時念頭生起時要去觀察，觀察念頭是靜中有動，還是動中有靜，是如何來去的等等，通過觀察覺知念頭的本質，這是以念頭為對象進行觀察，所以二者的關注點有些不同。

大手印雖然針對每個念頭去觀察它的本質（空性），但並不是生起一個念頭就說這是空性（附加一個空性的概念），並不是用心去造作附加的空，如果是這樣附加，念頭不會消失，會越來越強烈，這是一種負擔，不會讓念頭解脫。真正的大手印禪修不會踰越大手印的本性之中，在大手印境界中念頭生起後通過勝觀然後自然消融，都還在大手印的本性之中，並不是追隨念頭然後附加一個空性的名詞在上面。

大手印的禪修從比喻上來說就像水中作畫一般，在水裡畫畫，畫過之後馬上恢復平靜不會留下任何痕跡，念頭的生起和解脫就像水中的畫一樣。如果沒有這樣的功夫，只是用心不斷的造作說這是空性，在出定之後一定是煩惱還是煩惱，念頭還是念頭，不會有任何改變。如果我們看到一個人禪修，出定之後很容易發脾氣，越發越大，或者貪心很大，這樣的情況都是一個徵兆，證明禪修中沒有證得大手印，沒有念頭生解同時的功力。如果念頭生起去追隨它，那就有自他境的分別，大手印是超越自他境和一切分別的。