誤解一 身體自然放鬆
禪修時，身體要保持自然放鬆，但這並不是指身體很可以很舒服的躺在椅子上，或者靠在沙發上等隨意的樣子。
身體放鬆的正確方式
身體保持一種自然不造作的狀態，身自然安住時要保持一種正確的姿勢即毗盧七支坐。具體為雙手在臍下結定印，有人放在臍上是不對的，兩隻腳金剛跏趺坐（右腳在上），肩膀像禿鷲的翅膀一般外伸展微彎，脊柱像疊起的金幣一樣直，下顎要微收舌頭自然的抵上顎，眼睛稍微有點垂向前看著（不是閉著），身體保持這樣的姿勢後氣息也要轉換，我們身體本身有五種不清淨的氣息屬於業的氣息（會產生業力），透過專注力將其轉化為本慧的氣息。
由身去影響心, 身正則脈直，脈直則氣順，脈通暢後氣自然就會平和，氣平和後搭載在氣上的心念（意識）也會穩定平靜。心與氣是彼此互依的關係，當我們的氣動時心念也會動，氣如果平穩心念也會平穩，如果心念平靜下來，就會生起心性上的樂、明、無念的功德，這時就能漸漸的觀照自心。
誤解二 閉眼凝神放鬆
很多人在開始練習禪修時會閉眼，覺得閉著眼睛使心處於一種平靜的狀態，這種方式有助於使心的妄念融入到阿賴耶當中，不起妄念，可能會使身心都很舒服，也可以承認它是一種禪修，因為它可以使身心都處於一種很好的狀態，分別念不起，心也是放鬆的，所以把閉眼這種方式歸類為禪修也是可以的，但它並非我們所講的正式的禪修。
禪修時眼睛的正確方式
在禪修時眼睛稍微有點垂，自然向前看著，在大圓滿和大手印教法中是沒有閉著眼睛禪修的。因為在大手印和大圓滿中眼睛是生起智慧之門，所以不能閉眼。特別在大圓滿的頓超教法中，閉眼就無法看到頓超相，因此光明相就不會出現。
平時這麼做也沒有太大問題，因為妄念融入阿賴耶就不會到處紛飛，這樣保持身心愉悅舒坦，比如在山上或者海邊這樣做也會有一種很舒暢的感覺，可以說閉眼是一種暫時使身心寧靜舒適的方法，它雖然是禪修但不是標準的禪修，它和真正的禪修是不同的。我們禪修的目的不是為了生起樂、明、和無分別的覺受然後享受其中，產生這種覺受是好事，只是我們的發心動機不是去追求這些覺受，當這些覺受出現時（樂、明、無念）既不執著其中也不去排斥它。無論覺受產生與否也不會對此產生執著、貪戀、希冀、憂懼等，無論這種覺受是否發生都能坦然面對，不去顧慮是否發生，也不用擔心為何沒有發生。
誤解三 心自然放鬆
在禪修時心自然放鬆並不是任由自己的心妄念紛飛，也不是壓抑自己不起妄念。
禪修時心自然放鬆的正確方式
在正行禪修中大手印的「帝洛六法」是意（心）的要點。即不忖、不思、不分析、不修、不想、自然住（保持自然）。不忖是指對過去的事情以及念頭不去判斷，不去追憶過去；不思是指不對未來策劃，不去想未來如何如何；不分析是指對於現在在禪修它的本質是什麼不去判斷和分析；不修是不透過造作、作意的方式認為「我現在正在禪修，心應該是空的」云云；不想是指不對當下的狀態進行判斷，如這是好的，那是不好的，這是對的那是不對的等等；自然住是指無論發生任何情況，不去攀緣、執取，直接安住在任何的狀態之中，當明的境界現起就安住在明當中，當空的境界現起就安住在空當中，當心散亂了就在散亂中安住，當心動就安住在動中，當心靜就安住在靜中，單純的不渙散而安住在任何的狀態當中，這叫自然住。
「帝洛六法」是我們在正行禪修中必須要把握的，當念頭散逸掉也無需刻意的把念頭拉回來，如果是不好的狀態也無修刻意成辦好的狀態，有一個譬喻說不要做一個凡庸的牧童，凡庸的牧童非常勞累奔波，他會跟著羊群跑，這個不是我們要追求的狀態，我們應該做嫻熟的牧童，在山頂上只是看著羊群，但不會跟著羊群跑來跑去。
儘可能在放鬆寬坦的狀態下向內觀，要點就是「此中無一可遣除，亦無絲毫可安立，應當諦觀真實性，見真實性得解脫」。向內反觀時不會去追隨過去念和未來念，不對當下念頭做判斷，不陷入任何的取捨、破立、期待和憂懼，只是單純的保持在自然放鬆的狀態下。
對禪修時間的誤解
在日常禪修中既沒有非要特定安排時間專門禪修，也沒有固定的時長、時間段、或強調現在要上坐了、下坐了等等，而是從早到晚，任何時候都應該把握時間和機會向內觀，保持覺知，安住在基大手印中。