三昧耶戒是最高的教法，連大德阿底峽尊者都說：「沒有一個晚上不懺悔違犯的三昧耶戒。」
金剛乘的三味耶戒是非常難持守的，因為它是最高的教法。它是佛乘，不是人乘也不是菩薩乘。作為我們凡夫是很難持守的，或者說是很難完美地持守的。即使是菩薩完美的持守三味耶戒也是很難的。阿底峽尊者是非常偉大的學者和禪修者，是無與倫比的大德。他曾經說過，「作為小乘的戒律有二百五十條，在我一生中沒有犯過任何一條；對於大乘的菩提心戒，我有違犯，我總是及時改正(15天或者30天依要求的時間淨除改正)；但對於金剛乘的三味耶戒，就一團糟了，我沒有一個晚上不懺悔違犯的三味耶戒。」
雖然很難持守，但有方法續補違敗的三昧耶戒
這就意味著三昧耶戒非常難持守，但是有方法可以續補違敗的三昧耶戒淨除罪業。用什麼方法呢？持誦金剛薩埵。我們必須每天持誦金剛薩埵。我們無法瞭解這是佛乘的教導，有許多非常非常小的細節，比如在大圓滿中，與上師有關的三昧耶戒就有27條，其中9條有關身，9條有關語，9條有關意。在大圓滿中最重要的三昧耶戒就是與上師之間的，你必須持守27條三昧耶戒。要這樣想：在我日常的修習生活中我必須持守所有的三昧耶戒，但這是我能力所不及的，這是非常高的教法。
舉個例子，在身的9條戒律中，包括當你上師走路時，你不應該踩到上師的影子，要如此地尊重上師。所以持守所有的三昧耶戒是很困難的。因此向金剛薩埵懺悔是必須的。三昧耶戒並不是給大家製造麻煩，為什麼有這麼多的三昧耶戒呢？因為這個修習法非常深奧，它就像是佛陀的心。
雖然康祖仁波切不是頂果欽哲仁波切的上師，但出於對康祖仁波切是一位完全持戒的比丘的敬重，頂果欽哲仁波切依照了大圓滿的上師三昧耶戒
我沒有親眼看到，但聽說過一個關於頂果欽哲仁波切和康祖仁波切的事情。他說頂果欽哲仁波切和上一世康祖仁波切在一起走的時候，如果有太陽，頂果欽哲仁波切會儘量和康祖仁波切保持一定的距離，避免踩踏到康祖仁波切的影子。瑜伽士曾經給我講過兩次這個事，這就是一個例子，為什麼呢？頂果欽哲仁波切是位非常偉大的喇嘛，但康祖仁波切是完全持戒的比丘，他們的證量也是一樣高的，但康祖仁波切是非常高階的比丘。這並不意味著比丘比瑜伽士更重要，但是瑜伽士總是很尊重比丘，因為比丘是佛陀精神的核心。雖然康祖仁波切不是頂果欽哲仁波切的根本上師，但出於對康祖仁波切是一位完全持戒的比丘的敬重，頂果欽哲仁波切依照了大圓滿的上師三昧耶戒。在大圓滿的戒律中，對於比丘，對於你的上師無論他是不是比丘，你都不能踩踏他的影子。如果上師不是比丘，而弟子是比丘，上師同樣要尊重弟子。
唸誦金剛薩埵懺悔時，並不是金剛薩埵原諒了我
大家要每天晚上睡覺前唸誦金剛薩埵百字明至少三遍， 唸誦時要這樣想：因為我的無知、疏忽大意、缺少尊敬、以及如此之多的情緒煩惱，在不知不覺中違壞了三味耶戒，持誦三遍百字明可以淨除所有的違敗。金剛薩埵帶著關愛和慈悲，微笑看著你，對你說佛陀的兒子或女兒，所有的慈悲與你同在。這種懺悔的意思不是我向金剛薩埵懺悔，金剛薩埵原諒了我，而是我意識到作為一名凡夫，由於無明遮障不知不覺中造作了各種惡業，違犯了三味耶戒，我向佛陀和菩薩懺悔，金剛薩埵非常開心地帶著無量無邊的慈悲心含笑望著我，我得到了加持，由此我的內心覺得無比的喜悅，（所有的罪業得到淨除）。然後金剛薩埵瞬間化光融入你自身，你的心與金剛薩埵的心無二無別，在這一刻安住禪修。這種融入、安住、無二無別是最高層次最殊勝的懺悔。