修寂止時有兩種對治妄念的方式可以交替應用，第一種是當下處置（以這種方式開始），第二種是任憑念頭生起而不改造。

當下處置

當下處置是在修無所依的寂止時，單純的認出妄念試著使妄念平息，首先認識到自己的妄念，知道自己處於散亂中，然後妄念才會慢慢的平息，有時候我們太過於散亂，以為自己沒有妄念，實際上並不是，而是因為過度的渙散所以感覺自己沒有妄念，當透過禪修往內觀時，會發現自己妄念紛飛，感覺比沒有向內觀時妄念多了很多，實際上並不是妄念更多或者增加了，只是之前沒有注意覺察到。因此在當下處置時，先要提醒自己不要生起妄念，妄念出現時要將其遮止（斷掉），目的是為了心不渙散，在不渙散的前提下才能對禪修的真意有所認識，因此首先當妄念生起時要提起正念（不隨妄念轉）。

任憑念頭生起而不改造

第二種是任其生起而不改造，指當任何妄念生起時不去追隨它，在不散亂的狀態下認出它，無需刻意造作的做任何調整。

這兩種方式應該如何交替應用呢？

正如至尊米勒日巴尊者的口訣中說，「該緊（提正念）時就緊，該放鬆時就放鬆，在鬆緊之中找到何宜處就能見到心的面目」。

當下處置和任其生起而不改造兩種方式也需要善巧應用，按照次第來說首先是當下處置，其次是妄念生起而不改造。當下處置是讓妄念不要生起，其次當妄念生起時不追隨妄念。為何有這樣的順序呢？因為心在進入寂止當中是有循序漸進的過程，我們修寂止的目的是達到不遮止妄念（不對妄念取捨），那為何現在又說不要讓妄念生起？這中間是否是矛盾的？並不矛盾，正是為了將來要達到無需斷除妄念，因此現在要先斷絕妄念，現在斷絕的目的是為了將來無需斷除妄念，如果在最初不將妄念斷除，它會像瀑布一般一個接一個不停頓。