至尊吉祥薩惹哈說，「心的本性如同一切之種子，它遍於三有輪迴以及寂靜涅槃等一切法。」 心的本性就是基大手印。不了悟時漂泊流轉於三界輪迴中，這被稱為無明之本性。如果要通達究竟原始的自性，唯一的方法就是要對其能夠有所認識，有所了悟。這樣的心的原始自性，本來即是極清淨的，就像是密續裡面所說的 「眾生本為佛」。我們本性是如來藏（基大手印），從這個層面來說，眾生本為佛，它如同虛空般的存在，如果不能夠瞭解到它的本性，就會處於一種迷亂的、遮蔽本心的狀態，就無法真正通達原始的自性。而當這樣的無明被移除之後，所證得的就是原來的那個東西，它並沒有任何新的事物。
從基道果來講，我們的心的本性（基）和果其實是同一回事，我們唯一要做的就是去除染垢，把染垢移除了，本來的基就是那個果了。原始的基就是自己的本性，為了通達基，所以宣說教法，通達基的方式就是道，它就是我們所要修的內涵，透過道最後通達原來的那個基就是果，也稱為使基成熟為果。
迷亂的狀態（染垢）是因為基大手印被遮蔽了。就如同將一條花繩子誤認為成蛇的例子一般，消除蛇帶來的恐懼，需要做的就是清楚的認識它就是一條花繩子，本來蛇的概念無需去除掉，因為從開始就根本沒有一條蛇，而是由於自己錯誤迷亂的心造成的。這個是常常被用來闡述我們為何會迷亂的一個慣用的譬喻。
導致迷亂的是無明，即對於實相缺乏認知，由它而促成了迷亂。無明中的俱生無明，是一切流轉的因，包含了對於本覺的空缺乏認識，和對於空產生執著。實際心的本性也就是覺性，它跟迷妄是完全不相干的，它是如來藏，它是本來安住於實相自性的，但是我們偏偏對此點不瞭解，所以在三界當中迷亂了。因為不能夠了知實相的關係，所以會隨著習氣而起煩惱，隨煩惱而造業，隨造業而在三界當中流轉。想要現見本來的如實實相，唯一的要做的事情只是移除那個染污而已，就像是上面所說的眾生本為佛的道理。從基上面去遣除染垢，遣除染垢以後基就是果。
「然為客塵遮，離障現真佛」，眾生的心本來是佛自性，但是被暫時客塵染污給障蔽住了。如果把這個暫時的染污移除掉（無明），就是離開了障礙，本來的自性就顯露出來了，這個本來自性在大圓滿當中稱它為本自清淨或叫原來清淨。